Desde finales del siglo XVIII, el Imperio comenzó a recuperarse de las devastadoras consecuencias de las invasiones, y comenzó la reconquista de Grecia. Los griegos de Sicilia y de Asia Menor fueron llevados como colonos. Los eslavos fueron expulsados. A mediados del siglo IX, Grecia era griega de nuevo, y las ciudades comenzaron a recuperarse debido a la mejora de la seguridad y el restablecimiento del control central.
Cuando el Imperio Bizantino fue rescatado de un período de crisis por el liderazgo de los tres emperadores Alejo I Comneno, Juan y Manuel en el siglo XII, Grecia prosperó. Recientes investigaciones han revelado que este período fue un momento de crecimiento significativo en la economía rural, con un aumento de población y con grandes extensiones de tierras agrícola que fueron incorporadas a la producción. La construcción generalizada de nuevas iglesias rurales era indicador de que la prosperidad se estaba generando, incluso en zonas remotas. Un aumento constante de la población condujo a una mayor densidad de población, y hay buena evidencia de que el incremento demográfico fue acompañado por el resurgimiento de las ciudades.
Evidencias arqueológicas muestran un aumento del tamaño de los asentamientos urbanos, junto con un notable aumento de nuevas ciudades. La evidencia arqueológica nos dice que muchas de las ciudades medievales, como Atenas, Tesalónica, Tebas y Corinto, vivieron un período de crecimiento rápido y sostenido, a partir del siglo XI que continuó hasta el final del siglo XII. El crecimiento de las ciudades atrajo a los venecianos, y estos intereses en el comercio aumentaron aún más la prosperidad económica de Grecia. Ciertamente, los venecianos y otros fueron importantes comerciantes en los puertos de Tierra Santa, y generaron un negocio con envío de mercancías entre los Reinos Cruzados de ultramar y el Occidente, al mismo tiempo que se amplió el comercio entre Bizancio y Egipto.
El año 1204 marca el inicio del último periodo bizantino, cuando ocurrió el suceso más importante del Imperio. Los griegos perdieron Constantinopla por primera vez, y el imperio fue conquistado por los cruzados Latinos, que serían sustituidos por un nuevo Imperio Latino durante 57 años. Además, el período de ocupación latina influyó decisivamente en el desarrollo interno del imperio, con elementos como el feudalismo, que entró en la vida bizantina. En 1261 el imperio griego fue dividido entre los miembros de la antigua griega bizantina dinastía Comnenos(Epiro) y la dinastía Palaiologos (la última dinastía hasta la caída de Constantinopla). Después de que el debilitamiento gradual de las estructuras del estado griego bizantino y la reducción de sus tierras por las invasiones turcas, se produjo la caída del imperio bizantino griego, a manos de los otomanos, en 1453, fin del periodo bizantino.
Cuando los otomanos llegaron, hubo dos grandes migraciones griegas. La primera migración la hicieron los intelectuales hacia Europa Occidental, e influyen en la llegada del Renacimiento. La segunda migración fue la de los griegos dejando las llanuras de la península griega y el reasentamiento en las montañas. El sistema de millet otomano contribuyó a la cohesión étnica de los griegos ortodoxos mediante la segregación de los distintos pueblos dentro del Imperio Otomano por motivos de religión. Los griegos que vivieron en las llanuras durante la ocupación otomana eran cristianos que se ocupaban de las cargas de la dominación extranjera o cripto-cristiana (musulmanes griegos que practicaban en secreto de la fe Ortodoxa Griega). Muchos griegos se convirtieron en cripto-cristianos para evitar los fuertes impuestos y al mismo tiempo, expresar su identidad al mantener sus lazos con la Iglesia Ortodoxa Griega. Sin embargo los griegos que se convirtieron al Islam se consideraban turcos a los ojos de los ortodoxos griegos, aunque no adoptaron el idioma turco.