La presencia de seres humanos en Grecia hace 700.000 años se confirmó con el descubrimiento de un cráneo neandertal encontrado en una cueva en la península de Halkidiki de Macedonia.Otros artefactos como instrumentos hechos de hueso han sido hallados en las montañas Pindos al norte de Grecia. La Prehistoria de Grecia se remonta al Neolítico o Edad de Piedra, entre los años 6000 y 3000 a.C. No se conoce mucho sobre la Edad de Piedra de Grecia, a pesar de tener constancia de que estaban habitadas durante el Paleolítico y el Mesolítico. La migración procedente de Asia Menor es la explicación más probable de la vida de Grecia en esa época.
La evolución Neolítica alcanza Europa a través de Grecia y los Balcanes, comenzando en el 7 milenio a.C. Algunas comunidades neolíticas en el sur este de Europa, como la Sesklo en Grecia, vivían en asentamientos de 3000-4000 personas. La Era neolítica finaliza con la llegada de la Edad de Bronce, procedente de Anatolia, alrededor del siglo 28 a.C. En el 1900 a.C, los indo-europeos invadieron la península griega desde el norte y el este. Estos indo-europeos, conocidos como micénicos, introdujeron la lengua griega.
Una de las primeras civilizaciones que aparecieron en Grecia fue la civilización Minoica en Creta, que duró desde 2700 a.C., hasta 1450 a.C, y el periodo Heládico en Grecia desde el 2800 a.C. hasta 2100 a.C.
Poco se sabe acerca de los Minoicos, cuyo nombre proviene del legendario rey de Creta Minos. Los minoicos son pre-indo-europeos, los precursores de la lengua eteo-cretense de la antigüedad clásica. En un principio, se trataba de un pueblo mercantil dedicado al comercio exterior, aprovechando los ricos recursos naturales de su tierra. La madera era un recurso natural abundante y era exportado a tierras cercanas como Chipre, Siria, Egipto y las Islas Egeas. Durante la Edad de Bronce Temprana, entre 3300 a.C. hasta 2100 a.C, la civilización Minoica en Creta presentaba un futuro prometedor.
Los griegos micénicos invadieron Creta y adoptaron gran parte de la cultura Minoica que encontraron en la isla. Los restos de esta gran civilización minoica los encontramos en la excavación de Knossos.